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Phylum

rang taxonomique pour la classification biologique
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En systématique, le phylum[1] (au pluriel phyla) est le deuxième niveau dans la classification classique des espèces vivantes, le premier étant le règne. Ce terme est accepté par toutes les disciplines concernées par le monde vivant, comme terme principal ou comme terme de remplacement autorisé. Les mots embranchement et division (ou divisio) sont synonymes mais ne sont utilisés que pour certains règnes, embranchement en zoologie et division ou divisio en botanique.

Principaux rangs taxinomiques. Le phylum est le niveau entre le règne et la classe. Le phylum de ce schéma est appelé « division » concernant le règne végétal, et « embranchement » concernant le règne animal.

Selon les biologistes Ruggiero et al. (2015), il existe sept règnes du vivant, constitués de 96 phylums[2].

Historique et définitions

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Le terme phylum a été inventé en 1866 par Ernst Haeckel à partir du grec phylon (φῦλον, « race »), apparenté à phyle (φυλή, « tribu, clan »)[3],[4]. Haeckel a observé que les espèces évoluaient constamment vers de nouvelles espèces qui semblaient conserver peu de caractéristiques cohérentes entre elles et donc peu de caractéristiques qui les distinguaient en tant que groupe distinct (« une unité autonome ») :

« Wohl aber ist eine solche reale und vollkommen abgeschlossene Einheit die Summe aller Species, welche aus einer und derselben gemeinschaftlichen Stammform allmählig sich entwickelt haben, wie z. B. alle Wirbelthiere. Diese Summe nennen wir Stamm (Phylon) »

qui peut se traduire par :

« Cependant, une unité réelle et complètement autonome est peut-être l'agrégat de toutes les espèces qui ont progressivement évolué à partir de la même forme originelle commune, comme, par exemple [sic], tous les vertébrés. Nous appelons cet agrégat [un] Stamm [c'est-à-dire une race] (Phylon). »

En taxinomie végétale, August Wilhelm Eichler (1883) a classé les plantes en cinq groupes appelés divisions, un terme encore utilisé pour désigner des groupes de plantes, d'algues et de champignons[5]. Les définitions des embranchements zoologiques ont changé depuis les six classes de Carl von Linné et les quatre embranchements de Georges Cuvier[6].

De manière informelle, les embranchements peuvent être considérés comme des groupements d'organismes basés sur une spécialisation générale du plan d'organisation[3]. Dans sa forme la plus élémentaire, un phylum peut être défini de deux manières : comme un groupe d'organismes présentant un certain degré de similitude morphologique ou développementale (définition phénétique), ou comme un groupe d'organismes présentant un certain degré de parenté évolutive (définition phylogénétique)[7]. Il n'est pas satisfaisant de tenter de définir un niveau de la hiérarchie linnéenne sans référence à la parenté (évolutive), mais une définition phénétique est utile pour aborder des questions de nature morphologique, telles que le degré de réussite des différents plans corporels.

Définition basée sur la parenté génétique

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La mesure objective la plus importante dans les définitions ci-dessus est le « certain degré » qui définit comment différents organismes doivent être membres de différents embranchements. L'exigence minimale est que tous les organismes d'un embranchement soient clairement plus étroitement apparentés les uns aux autres qu'à tout autre groupe.10 Même cette exigence est problématique, car elle dépend de la connaissance des relations entre les organismes : à mesure que nous disposons de plus de données, notamment grâce aux études moléculaires, nous sommes en mesure de mieux déterminer les relations entre les groupes. Ainsi, les embranchements peuvent fusionner ou se diviser s'il apparaît clairement qu'ils sont apparentés ou non. Par exemple, les Pogonophores (« vers barbus ») ont été décrits comme un nouveau phylum (les Pogonophora) au milieu du 20e siècle, mais des travaux moléculaires réalisés près d'un demi-siècle plus tard ont révélé qu'il s'agissait d'un groupe d'annélides, ce qui a entraîné la fusion des phylums (les vers barbus constituent désormais une famille d'annélides)[8]. D'autre part, l'embranchement hautement parasitaire des Mesozoa s'est scindé en deux embranchements (Orthonectidae et Rhombozoa) lorsqu'on a découvert que les Orthonectidae étaient probablement des deutérostomiens et les Rhombozoa des protostomiens[9].

Cette mutabilité des embranchements a conduit certains biologistes à demander l'abandon du concept de phylum au profit d'un classement des taxons en clades sans classification formelle en rangs taxinomiques[7].

Définition basée sur le plan d'organisation

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Les paléontologues Graham Budd et Sören Jensen ont proposé une définition de l'embranchement (ou phylum) basée sur le plan d'organisation (comme Haeckel l'avait fait un siècle plus tôt). Cette définition a été proposée parce que les organismes éteints sont les plus difficiles à classer : ils peuvent être des ramifications qui ont divergé de la ligne d'un phylum avant que tous les caractères définissant le phylum moderne n'aient été acquis. Selon la définition de Budd et Jensen, un phylum est défini par un ensemble de caractères partagés par tous ses représentants vivants.

Cette approche pose quelques problèmes mineurs : par exemple, certains membres d'un phylum peuvent avoir perdu des caractères ancestraux communs à la plupart de ses membres. De plus, cette définition est basée sur un point arbitraire dans le temps : le présent. Cependant, comme elle est basée sur des caractères, elle est facile à appliquer au registre fossile. Un problème majeur est qu'elle est basée sur une décision subjective concernant les groupes d'organismes qui devraient être considérés comme des phylums.

Cette approche est utile car elle facilite la classification des organismes éteints dans le « groupe parent » des phylums auxquels ils ressemblent le plus, en se basant uniquement sur des similitudes importantes sur le plan taxonomique. 10 Cependant, il est difficile de prouver qu'un fossile appartient au groupe de tête d'un phylum, car il doit présenter un caractère unique à un sous-ensemble du groupe de tête.10 En outre, les organismes du groupe de tête d'un phylum peuvent posséder le « plan d'organisation » du phylum sans avoir toutes les caractéristiques nécessaires pour en faire partie. Cela remet en cause l'idée que chaque phylum représente un plan d'organisation distinct[10].

Une classification fondée sur cette définition peut être fortement influencée par la survie fortuite de groupes rares, ce qui peut rendre un phylum beaucoup plus diversifié qu'il ne le serait autrement[11].

Suffixes des noms des phylums

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Le nom des phylums se termine par le suffixe -phyta pour les plantes et les algues, par -mycota pour les champignons, par -ota pour les procaryotes (bactéries et archées) et par -viricota pour les virus. Pour le règne animal on ne trouve des suffixes standard qu'en dessous du rang de super-famille[12].

Liste des phylums par règne

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Animaux (Animalia)

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Une catégorie est consacrée à ce sujet : Embranchement d'animaux (nom scientifique).

Selon le Catalogue of Life ()[13] :

Phylum Espèces décrites
Acanthocephala 1 330 (vers parasites)
Annelida 17 515 (vers segmentés, sangsue, lombric…)
Arthropoda 1 165 847 (insectes, crustacés, arachnides, myriapodes)
Brachiopoda 435 (« coquillages » marins)
Bryozoa 20 584 (animaux marins produisant de la matière calcaire)
Chaetognatha 132 (vers marins, constituant du zooplancton)
Chordata 73 501 (vertébrés, amphioxus…)
Cnidaria 15 659 (coraux, anémone de mer, hydres…)
Ctenophora 216 (organismes marins ayant des cils locomoteurs)
Cycliophora 2 (organismes marins microscopiques)
Dicyemida 122 (parasites de céphalopodes)
Echinodermata 11 623 (oursins, étoiles de mer, concombres de mer…)
Entoprocta 171 (vers marins)
Gastrotricha 878 (vers marins)
Gnathostomulida 100 (vers marins)
Hemichordata 139 (vers marins)
Kinorhyncha 344 (invertébrés marins)
Loricifera 44 (organismes marins microscopiques)
Micrognathozoa 1 (Limnognathia maerski)
Mollusca 130 560 (bivalves, escargots, pieuvres, limaces…)
Nematoda 17 461 (vers ronds non segmentés : filaire de Bancroft, oxyure, ascaris…)
Nematomorpha 356 (vers non-segmentés cylindriques parasites d'arthropodes)
Nemertea 1 373 (vers possédant une trompe, presque tous marins)
Onychophora 230 (vers à pattes)
Orthonectida 26 (organismes marins)
Phoronida 19 (espèces marines)
Placozoa 4 (métazoaires aplatis en forme de plaque)
Plathelminthes 22 884 (vers plats : ver solitaire, douve du foie, planaire…)
Porifera 9 622 (éponges)
Priapulida 22 (vers marins possédant une trompe épineuse extensible)
Rotifera 2 014 (organismes aquatiques munis de cils vibratiles)
Sipuncula 205 (vers marins)
Tardigrada 1 461 (tardigrades)
Xenacoelomorpha 459 (vers marins)
TOTAL: 34 1 495 339

Plantes (Plantae)

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Une catégorie est consacrée à ce sujet : Division de plantes (nom scientifique).

Selon le Catalogue of Life (1er août 2023)[13], Plantae est défini au sens large (Archaeplastida), comprenant les plantes terrestres (bryophytes et plantes vasculaires), les algues vertes et les algues rouges :

(bryophytes)

(algues vertes)

(algues rouges)

(plantes vasculaires)

Selon la World Flora Online ()[14], Plantae est défini au sens strict des plantes terrestres, comprenant les bryophytes et les plantes vasculaires :

sous-règne des Bryobiotina Trevis. - bryophytes

sous-règne des Pteridobiotina Britton & Brown - plantes vasculaires

Champignons (Fungi)

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Une catégorie est consacrée à ce sujet : Division de champignons (nom scientifique).

Selon le Catalogue of Life ()[13] :

Protozoaires (Protozoa)

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Selon le Catalogue of Life ()[13] :

Chromistes (Chromista)

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Selon le Catalogue of Life ()[13] :

Bactéries (Bacteria)

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Une catégorie est consacrée à ce sujet : Phylum de bactéries (nom scientifique).
Article détaillé : Phyla bactériens.

Selon la LPSN ()[15] :

Archées (Archaea)

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Une catégorie est consacrée à ce sujet : Phylum d'archées (nom scientifique).

Selon la LPSN ()[16] :

Virus

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Une catégorie est consacrée à ce sujet : Embranchement de virus.
Article connexe : Classification des virus.

Selon l'International Committee on Taxonomy of Viruses ()[17] :

Autres rangs taxonomiques

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Les rangs taxonomiques[a] utilisés en systématique linnéenne pour indiquer la hiérarchie entre les taxons nommés dans la classification du monde vivant sont les suivants (par ordre décroissant) :


Notes et références

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Notes

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  1. ↑ En gras les sept rangs principaux (RECOFGE, sigle mnémotechnique pour Règne/Embranchement/Classe/Ordre/Famille/Genre/Espèce), en maigre les rangs secondaires. En romain les noms vulgaires, en italique les noms scientifiques.
  2. ↑ Un embranchement en zoologie, ou division en botanique, est traditionnellement caractérisé par une description schématique appelée « plan d'organisation ».
  3. ↑ a b et c Les taxons aux rangs de race et de sous-race (animaux domestiques principalement) n'ont pas de nom scientifique. Ils ne sont pas régis par le Code international de nomenclature zoologique (CINZ).

Références

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  • (es) Cet article est partiellement ou en totalité issu de l’article de Wikipédia en espagnol intitulé « Filo » (voir la liste des auteurs).
  1. ↑ Atlas de phylogénie : la classification du vivant en fiches et en images, Dunod, coll. « Sciences sup », (ISBN 978-2-10-070445-3, Sur abonnement : https://international.scholarvox.com/book/88820738)
  2. ↑ (en) Michael A Ruggiero, Dennis P Gordon, Thomas M Orrell, Nicolas Bailly, Thierry Bourgoin, Richard C Brusca, Thomas Cavalier-Smith, Michael D Guiry et Paul M Kirk, « A Higher Level Classification of All Living Organisms », PLOS One, PLoS, vol. 10, no 4,‎ , e0119248 (ISSN 1932-6203, OCLC 228234657, PMID 25923521, PMCID 4418965, DOI 10.1371/JOURNAL.PONE.0119248). .
  3. ↑ a et b (en) James W valentine, On the origin of phyla, Chicago : University of Chicago Press, (ISBN 978-0-226-84548-7, lire en ligne)
  4. ↑ (de) Haeckel, Generelle morphologie der organismen. Allgemeine grundzüge der organischen formen-wissenschaft, mechanisch begründet durch die von Charles Darwin reformirte descendenztheorie, Berlin, G. Reimer, (lire en ligne)
  5. ↑ (en) V. N. Naik, Taxonomy of Angiosperms, Tata McGraw-Hill, (ISBN 978-0-07-451788-8, lire en ligne)
  6. ↑ (en) Allen Gilbert Collins et Valentine JW, « Defining phyla: evolutionary pathways to metazoan body plans », Evolution & Development, Wiley-Blackwell, vol. 3, no 6,‎ , p. 432-442 (ISSN 1520-541X et 1525-142X, OCLC 41390326, PMID 11806639, DOI 10.1046/J.1525-142X.2001.01048.X). 
  7. ↑ a et b (en) G E Budd et S Jensen, « A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla », Biological Reviews, Wiley, vol. 75, no 2,‎ , p. 253-295 (ISSN 1464-7931, PMID 10881389, DOI 10.1017/S000632310000548X). 
  8. ↑ (en) G ROUSE, « A cladistic analysis of Siboglinidae Caullery, 1914 (Polychaeta, Annelida): formerly the phyla Pogonophora and Vestimentifera », Zoological Journal of the Linnean Society, Linnean Society of London et OUP, vol. 132, no 1,‎ , p. 55-80 (ISSN 1096-3642 et 0024-4082, OCLC 01799617, DOI 10.1006/ZJLS.2000.0263). 
  9. ↑ (en) Pawlowski J, Montoya-Burgos JI, Fahrni JF, Wüest J et Zaninetti L, « Origin of the Mesozoa inferred from 18S rRNA gene sequences », Molecular Biology and Evolution, OUP, vol. 13, no 8,‎ , p. 1128-1132 (ISSN 0737-4038 et 1537-1719, OCLC 439813139, PMID 8865666, DOI 10.1093/OXFORDJOURNALS.MOLBEV.A025675). 
  10. ↑ (en) Graham E. Budd, « Arthropod body‐plan evolution in the Cambrian with an example from anomalocaridid muscle », Lethaia, vol. 31, no 3,‎ , p. 197–210 (ISSN 0024-1164 et 1502-3931, DOI 10.1111/j.1502-3931.1998.tb00508.x, lire en ligne, consulté le )
  11. ↑ (en) Derek E. G. Briggs et Richard A. Fortey, « Wonderful strife: systematics, stem groups, and the phylogenetic signal of the Cambrian radiation », Paleobiology, Société de paléontologie, vol. 31, no sp5,‎ , p. 94-112 (ISSN 0094-8373 et 1938-5331, DOI 10.1666/0094-8373(2005)031[0094:WSSSGA]2.0.CO;2). 
  12. ↑ ICZN article 27.2
  13. ↑ a b c d et e (en) « Catalogue of Life Checklist - COL », sur www.catalogueoflife.org, (DOI 10.48580/dfsy, consulté le )
  14. ↑ (en) WFO Plant List - World Flora Online, « kingdom Plantae Haeckel », sur wfoplantlist.org (consulté le )
  15. ↑ (en) « Domain: Bacteria », sur lpsn.dsmz.de (consulté le )
  16. ↑ (en) « Domain: Archaea », sur lpsn.dsmz.de (consulté le )
  17. ↑ (en) « Current ICTV Taxonomy Release - ICTV », sur ictv.global (consulté le )

Voir aussi

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Articles connexes

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