Fondé par les princes de Béarn, le château occupe une position stratégique pour la surveillance d'un gué sur le gave de Pau. La cour de Béarn se tient parfois au château de Pau dès le milieu du XIIe siècle, puis plus régulièrement à partir de Gaston VI. Dans sa volonté d'affirmation de la souveraineté béarnaise, le prince Gaston Fébus entreprend un vaste renforcement de l'édifice à la fin du XIVe siècle. À partir de 1464, le château de Pau devient la résidence principale des princes de Béarn à la suite de la décision de Gaston IV, qui restructure aussi profondément la bâtisse. Devenus rois de Navarre en 1481, les souverains béarnais rénovent le château dans le style Renaissance sous le règne d'Henri d'Albret et Marguerite d'Angoulême, tandis que Jeanne d'Albret et Antoine de Bourbon développent un jardin immense et exceptionnel.
Le Béarn ayant perdu son indépendance en 1620, lors d'une intervention militaire de Louis XIII au château, l'édifice subit un lent et long déclin, tandis que le développement de la ville empiète sur le domaine royal. Le mythe du « bon roi Henri » se répand au XVIIIe siècle et est utilisé par la propagande royaliste tout au long du XIXe siècle. Le château natal d'Henri IV bénéficie alors d'un regain d'intérêt qui se traduit par une profonde restructuration menée par Louis-Philippe puis Napoléon III. Le château est rénové et décoré dans le souvenir du premier roi Bourbon, et sa fonction muséale s'impose à partir du début du XXe siècle. Aujourd'hui, le musée national accueille environ 100 000 visiteurs par an.
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