Samuel Boutal, meilleur buteur du club la saison passée, quitte le club pour la Division 1. Il est remplacé par Seyni N'Diaye et par le vétéran Christophe Horlaville, recruté en septembre. Cyrille Watier, novice au niveau professionnel, est recruté pour occuper l'aile droite. Théault met en place une équipe disposée en 4-5-1, bâtie pour les jeunes joueurs récemment sortis du centre de formation. Le talent de l'ailier gauche Jérôme Rothen et du meneur de jeu Johan Gallon, auteur de sa meilleure saison à Caen, et l'explosivité du jeune latéral droit Bernard Mendy laisse penser que le club a une carte à jouer dans la course à la montée.
Les Caennais souffrent de leur incapacité à concrétiser ses occasions, qui leur fait concéder de nombreux matchs nuls, et manquent les matchs couperets. Deuxième ex aequo avec l'EA Guingamp au soir de la douzième journée, Malherbe s'incline à domicile face aux bretons au match suivant. Alors que le podium n'est encore qu'à trois points début février, les Caennais sont défaits coup sur coup à domicile par Lorient puis par Sochaux, en fin de match, puis s'inclinent encore à deux reprises en déplacement. L'équipe caennaise laisse ses concurrents s'échapper définitivement et termine finalement à la sixième place.
Rothen et Mendy apparaissent en fin de saison dans l'équipe-type de deuxième division aux trophées UNFP du football, quelques semaines avant de quitter le club pour la première division.