Nocardia caishijiensis
Nocardia caishijiensis est une espèce de bactéries Gram positives de la famille des Nocardiaceae isolée en Chine et reconnu comme pathogène opportuniste.
| Domaine | Bacteria |
|---|---|
| Phylum | Actinomycetota |
| Classe | Actinomycetes |
| Ordre | Mycobacteriales |
| Famille | Nocardiaceae |
| Genre | Nocardia |
Description
modifierNocardia caishijiensis est une espèce avec des caractéristiques typiques du genre Nocardia, à savoir qu'il s'agit d'une bactérie aérobie, Gram-positive, légèrement acid-fast et non-mobile. C'est un actinomycète qui forme un mycélium branché qui se fragmente en éléments bacilliaires[1]. Les colonies de N. caishijiensis sont convexes à irrégulières avec des bords filamenteux. Aucun pigment n'est formé[1].
Cette bactérie a aussi été identifiée comme endophyte de Sonchus oleraceus[2].
Caractéristiques biochimiques
modifierLes réactions biochimiques sont positives pour le test catalase et négatives pour le test oxydase. Cette bactérie peut réduire le nitrate et hydrolyser l'esculine et l'urée mais pas l'arbutine. N. caishijiensis dégrade le Tween 20 et le Tween 80 mais pas le Tween 60. De même, elle ne dégrade pas l'adénine, la guanine ou la tyrosine, et non plus l'amidon, la caséine, l'élastine, l'hypoxanthine et la xanthine[1].
N. caishijiensis forme de l'acide en utilisant les sucres suivants : D-fructose, D-galactose, D-glucose, glycérol, D -mannose, D-ribose, D-tréhalose et D-xylose. Elle ne peut pas le faire en utilisant l'arbutine, le D-cellobiose, le myo-inositol, l'inuline, le D-maltose, le D-melezitose, le D-mélibiose, le D-raffinose, α-L-rhamnose, l'amidon, le D-sucrose ou le D-turanose[1].
Les sources de carbone et d'énergie utilisables par cette bactérie sont : arbutine, D-cellobiose, D-fructose, D-galactose, D-glucose, glycérol, inuline, D-maltose, D-mannose, D-melezitose, D-mélibiose, methyl α-D-glucoside, D-raffinose, α-L-rhamnose, D-ribose, amidon (faiblement), D-sucrose, D-tréhalose, D-turanose, D -xylose, acétate, fumarate (faiblement), acide lactique, propionate, pyruvate et succinate (faiblement)[1].
Les sources d'azote utilisables par cette espèce sont : L -Alanine, L -aspartate (faiblement), D-glucosamine, L-proline et L-sérine[1].
Acides gras cellulaires
modifierLes acides gras cellulaires majoritaires sont les suivants : C16:0 (21.8 %),C18:0 (31.7 %), cis9-C16:1 (10.7 %), cis9-C18:1 (16.1 %) et 10-methyl-C18:0 (7.8 %)[3].
Conditions de culture
modifierCette espèce peut être cultivée sur milieu de Bennett supplémenté avec 1 % (w/v) de D-glucose, 0,1 % (w/v) d'extrait de levure, 0,1 % (w/v) d'extrait de bœuf, 0,2 % (w/v) d'hydrolysat de caséine et 1,5 % (w/v) d'agar à une température d'incubation de 28 °C durant sept jours[4]. Elle peut être cultivée entre 17 et 37 °C, à un pH compris entre 5,2 et 10,0 et en présence de 5 % de chlorure de sodium mais pas à 6 ou 7 % (w/v)[1].
GC %
modifierLa composition en bases nucléotidiques G+C est de 69,4 %[3].
Résistance aux antibiotiques
modifierLe souche type de cette espèce est résistante à la pénicilline G, au lysozyme, et aux sulfates de gentamicine et de streptomycine[1].
Cette souche est sensible au chloramphénicol, à l'érythromycine, à la midécamycine, à l'hydrochloride de minocycline, à la rifampicine, au sulfate de tobramycine et à la vancomycine[3].
Cette bactérie est capable de produire des composé possédant des propriétés antimicrobiennes contre Staphlococcus aureus résistant à la méticilline (MRSA), Escherichia coli ATCC 25922, Klebsiella pneumoniae ATCC 706003, S. aureus et Candida tropicalis[2]. Ces substances bioactives pourraient être de la sténothricine et de la bagrémycine A[2].
Taxonomie
modifierLe nom correct complet (avec auteur) de ce taxon est Nocardia caishijiensis Zhang et al. 2003[5],[6].
La souche type de cette espèce est la souche F829 qui a été déposée dans différentes banques de cultures bactériennes sous les identifiants AS 4.1728 et JCM 11508. Cette souche type a été isolée d'un prélèvement de sol provenant de Caishiji, dans la province d'Anhui en Chine[3].
Étymologie
modifierL'étymologie du nom spécifique est la suivante: cai.shi.ji.en’sis. N.L. masc./fem. adj. caishijiensis, de ou appartenant à Caishiji, l'origine du sol d'où a été isolé la souche type[5],[1],[6].
Phylogénie
modifierL'analyse phylogénétique de l'ARNr 16S de la souche type a montré une similarité de séquence de 97,6 % avec la souche type de Nocardia asteroides qui se retrouve être l'espèce la plus proche phylogénétiquement tout en étant située sur un sous-clade différent[1].
Pathogénicité
modifierCette bactérie a été identifiée comme pathogène opportuniste chez des patients immunodéprimés en Iran et en Amérique du Nord et provoquant des pneumonies[7].
Références
modifier- Zhang, Liu et Goodfellow 2003, p. 1001.
- Tanvir et et al. 2016, p. 22.
- Zhang, Liu et Goodfellow 2003, p. 1002.
- Zhang, Liu et Goodfellow 2003, p. 999.
- List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), consulté le 19 novembre 2023
- Goodfellow et Maldonado 2015.
- Malaguez Webber et et al. 2023, p. 218.
Bibliographie
modifier- Publication originale (en) Jianli Zhang, Zhiheng Liu et Michael Goodfellow, « Nocardia caishijiensis sp. nov., a novel soil actinomycete. », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 53, no 4, , p. 999-1004 (DOI 10.1099/ijs.0.02397-0).
- (en) Fabricio Malaguez Webber, Arun Nachiappan, Freddy Duarte Lau, Christie Costello et Saul Zane, « Nocardia caishijiensis infection: a case report and review of the literature », BMC Infect Dis, vol. 23, no 1, , p. 218 (DOI 10.1186/s12879-023-08186-z).
- (en) Rabia Tanvir, Imran Sajid, Shahida Hasnain, Andreas Kulik et Stephanie Grond, « Rare actinomycetes Nocardia caishijiensis and Pseudonocardia carboxydivorans as endophytes, their bioactivity and metabolites evaluation », Microbiol Res, vol. 185, , p. 22-35 (DOI 10.1016/j.micres.2016.01.003.)
- Michael Goodfellow et Luis A. Maldonado, « 17. Nocardia caishijiensis Zhang, Liu and Goodfellow 2003, 1003VP », dans M.E. Trujillo, S. Dedysh, P. DeVos, B. Hedlund, P. Kämpfer, F.A. Rainey and W.B. Whitman, Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Wiley, (DOI 10.1002/9781118960608.gbm00032).
Liens externes
modifier- (en) Référence Catalogue of Life : Nocardia caishijiensis Zhang et al., 2003 (consulté le )
- (fr + en) Référence EOL : Nocardia caishijiensis (consulté le )
- (fr + en) Référence GBIF : Nocardia caishijiensis Zhang et al., 2003 (consulté le )
- (en) Référence IRMNG : Nocardia caishijiensis Zhang et al., 2003 (consulté le )
- (fr + en) Référence ITIS : Nocardia caishijiensis Zhang et al., 2003 (consulté le )
- (en) Référence LPSN : Nocardia caishijiensis Zhang et al. 2003 (consulté le )
- (en) Référence NCBI : Nocardia caishijiensis (taxons inclus) (consulté le )
- (en) Référence Taxonomicon : Nocardia caishijiensis Zhang et al. 2003 (consulté le )
