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Enregistré à partir du aux studios Abbey Road par l'Orchestre symphonique de Londres et la chorale de Londres, sous la direction de John Williams, dont cet enregistrement est le premier pour un film Star Wars depuis seize ans et Star Wars, épisode VI : Le Retour du Jedi. Cette bande originale est produite par John Williams lui-même, assisté de Shawn Murphy pour l'enregistrement et le mixage. Comme pour les trois premiers films de la saga, Kenneth Wannberg en est l'éditeur musical.
Durant la production du film et de l'enregistrement le réalisateur George Lucas et John Williams décident que les bandes originales des deux films suivants reposeraient fortement sur celle-ci.
Aucun enregistrement vraiment complet n'est jamais sorti, mais la majorité des morceaux inédits peuvent être entendus dans plusieurs jeux vidéo édités par LucasArts.
Après la sortie de l'album, une version bootleg bien plus complète et très populaire commence à détourner une partie des profits attendus. En réaction, Sony Classical décide d'éditer une Ultimate Edition contenant une grande partie des compositions entendues dans le film.
A noter que la bande originale étant sortie 2 semaines avant le film, quelques informations clés de l'intrigue ont pu être connues dès la sortie du disque, le plus important étant la mort du personnage interprété par Liam Neeson.
La bande originale de La Menace fantôme est disponible en quatre versions, trois sorties en 1999 et 2000 et la dernière éditée à l'occasion de la réédition en 3D du film en . La première est l'édition originale sur CD contenant dix-sept pistes de l'enregistrement et organisée par John Williams qui souhaite le présenter comme il le serait en concert. La deuxième version est identique, mais éditée en Long Play vendu chez des détaillants spécialisés. La troisième, éditée en deux CD le sous l'appellation Ultimate Edition et contenant l'enregistrement pratiquement tel qu'entendu dans le film, même si présenté par Sony Classical comme « (en) every notes ever recorded », alors que cette édition ne contient pas l'enregistrement au complet. Enfin, la quatrième version est une réédition spéciale accompagnant la sortie du film en 3D et contenant Duel of the Fates (Dialogue Version), piste bonus originellement incluse dans l'édition deux-CD.
Finalement, aucune des quatre éditions ne contient l'enregistrement complet et aucune édition complète n'est disponible. La version deux-CD contient des compositions absentes de l'édition originale et inversement.