SUPERFAMILY

SUPERFAMILY est une base de données bioinformatique pour les propriétés structurelles et fonctionnelles pour les protéines et les génomes^[1]^,^[2]^,^[3]^,^[4]^,^[5]^,^[6]^,^[7]. Elle classifie les séquences d'acides aminés en fonction de domaines structurels connus, en les rangeant notamment dans les superfamilles SCOP^[8]^,^[9]. Une superfamille est un groupe de protéines qui partagent un ensemble d'éléments appuyant l'idée d'une évolution à partir d'un ancêtre commun sans pour autant présenter nécessairement d'homologie séquentielle détectable^[10].

Notes et références

↑ (en) Derek Wilson, Ralph Pethica, Yiduo Zhou, Charles Talbot, Christine Vogel, Martin Madera, Cyrus Chothia et Julian Gough, « SUPERFAMILY—sophisticated comparative genomics, data mining, visualization and phylogeny », Nucleic Acids Research, vol. 37, n^o Supplement 1,‎ janvier 2009, D380-D386 (PMID 19036790, PMCID 2686452, DOI 10.1093/nar/gkn762, lire en ligne)
↑ (en) Martin Madera, Christine Vogel, Sarah K. Kummerfeld, Cyrus Chothia et Julian Gough, « The SUPERFAMILY database in 2004: additions and improvements », Nucleic Acids Research, vol. 32, n^o Supplement 1,‎ janvier 2004, D235-D239 (PMID 14681402, PMCID 308851, DOI 10.1093/nar/gkh117, lire en ligne)
↑ (en) Derek Wilson, Martin Madera, Christine Vogel, Cyrus Chothia et Julian Gough, « The SUPERFAMILY database in 2007: families and functions », Nucleic Acids Research, vol. 35, n^o Supplement 1,‎ janvier 2007, D308-D313 (PMID 17098927, PMCID 1669749, DOI 10.1093/nar/gkl910, lire en ligne)
↑ (en) Julian Gough, « The SUPERFAMILY database in structural genomics », Acta Crystallographica Section D, vol. 58, n^o Pt 11,‎ novembre 2002, p. 1897-1900 (PMID 12393919, DOI 10.1107/S0907444902015160, lire en ligne)
↑ (en) Julian Gough et Cyrus Chothia, « SUPERFAMILY: HMMs representing all proteins of known structure. SCOP sequence searches, alignments and genome assignments », Nucleic Acids Research, vol. 30, n^o 1,‎ janvier 2002, p. 268-272 (PMID 11752312, PMCID 99153, DOI 10.1093/nar/30.1.268, lire en ligne)
↑ (en) David A. de Lima Morais, Hai Fang, Owen J. L. Rackham, Derek Wilson, Ralph Pethica, Cyrus Chothia et Julian Gough, « SUPERFAMILY 1.75 including a domain-centric gene ontology method », Nucleic Acids Research, vol. 39, n^o Supplement 1,‎ janvier 2011, D427-D434 (PMID 21062816, PMCID 3013712, DOI 10.1093/nar/gkq1130, lire en ligne)
↑ (en) Matt E. Oates, Jonathan Stahlhacke, Dimitrios V. Vavoulis, Ben Smithers, Owen J.L. Rackham, Adam J. Sardar, Jan Zaucha, Natalie Thurlby, Hai Fang et Julian Gough, « The SUPERFAMILY 1.75 database in 2014: a doubling of data », Nucleic Acids Research, vol. 43, n^o D1,‎ janvier 2015, D227-D233 (PMID 25414345, PMCID 4383889, DOI 10.1093/nar/gku1041, lire en ligne)
↑ (en) Tim J. P. Hubbard, Bart Ailey, Steven E. Brenner, Alexey G. Murzin et Cyrus Chothia, « SCOP: a Structural Classification of Proteins database », Nucleic Acids Research, vol. 27, n^o 1,‎ janvier 1999, p. 254-256 (PMID 9847194, PMCID 148149, DOI 10.1093/nar/27.1.254, lire en ligne)
↑ (en) Antonina Andreeva, Dave Howorth, Steven E. Brenner, Tim J. P. Hubbard, Cyrus Chothia et Alexey G. Murzin, « SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data », Nucleic Acids Research, vol. 32, n^o Supplement 1,‎ janvier 2004, D226-D229 (PMID 14681400, PMCID 308773, DOI 10.1093/nar/gkh039, lire en ligne)
↑ (en) M. O. Dayhoff, P. J. McLaughlin, W. C. Barker et L. T. Hunt, « Evolution of sequences within protein superfamilies », Naturwissenschaften, vol. 62, n^o 4,‎ avril 1975, p. 154-161 (DOI 10.1007/BF00608697, Bibcode 1975NW.....62..154D, lire en ligne)

Annexes

Lien web : http://supfam.org/.

Portail de la biochimie

[10.1093/nar/gkn762-1] (en) Derek Wilson, Ralph Pethica, Yiduo Zhou, Charles Talbot, Christine Vogel, Martin Madera, Cyrus Chothia et Julian Gough, « SUPERFAMILY—sophisticated comparative genomics, data mining, visualization and phylogeny », Nucleic Acids Research, vol. 37, n^o Supplement 1,‎ janvier 2009, D380-D386 (PMID 19036790, PMCID 2686452, DOI 10.1093/nar/gkn762, lire en ligne)

[10.1093/nar/gkh117-2] (en) Martin Madera, Christine Vogel, Sarah K. Kummerfeld, Cyrus Chothia et Julian Gough, « The SUPERFAMILY database in 2004: additions and improvements », Nucleic Acids Research, vol. 32, n^o Supplement 1,‎ janvier 2004, D235-D239 (PMID 14681402, PMCID 308851, DOI 10.1093/nar/gkh117, lire en ligne)

[10.1093/nar/gkl910-3] (en) Derek Wilson, Martin Madera, Christine Vogel, Cyrus Chothia et Julian Gough, « The SUPERFAMILY database in 2007: families and functions », Nucleic Acids Research, vol. 35, n^o Supplement 1,‎ janvier 2007, D308-D313 (PMID 17098927, PMCID 1669749, DOI 10.1093/nar/gkl910, lire en ligne)

[10.1107/S0907444902015160-4] (en) Julian Gough, « The SUPERFAMILY database in structural genomics », Acta Crystallographica Section D, vol. 58, n^o Pt 11,‎ novembre 2002, p. 1897-1900 (PMID 12393919, DOI 10.1107/S0907444902015160, lire en ligne)

[10.1093/nar/30.1.268-5] (en) Julian Gough et Cyrus Chothia, « SUPERFAMILY: HMMs representing all proteins of known structure. SCOP sequence searches, alignments and genome assignments », Nucleic Acids Research, vol. 30, n^o 1,‎ janvier 2002, p. 268-272 (PMID 11752312, PMCID 99153, DOI 10.1093/nar/30.1.268, lire en ligne)

[10.1093/nar/gkq1130-6] (en) David A. de Lima Morais, Hai Fang, Owen J. L. Rackham, Derek Wilson, Ralph Pethica, Cyrus Chothia et Julian Gough, « SUPERFAMILY 1.75 including a domain-centric gene ontology method », Nucleic Acids Research, vol. 39, n^o Supplement 1,‎ janvier 2011, D427-D434 (PMID 21062816, PMCID 3013712, DOI 10.1093/nar/gkq1130, lire en ligne)

[10.1093/nar/gku1041-7] (en) Matt E. Oates, Jonathan Stahlhacke, Dimitrios V. Vavoulis, Ben Smithers, Owen J.L. Rackham, Adam J. Sardar, Jan Zaucha, Natalie Thurlby, Hai Fang et Julian Gough, « The SUPERFAMILY 1.75 database in 2014: a doubling of data », Nucleic Acids Research, vol. 43, n^o D1,‎ janvier 2015, D227-D233 (PMID 25414345, PMCID 4383889, DOI 10.1093/nar/gku1041, lire en ligne)

[10.1093/nar/27.1.254-8] (en) Tim J. P. Hubbard, Bart Ailey, Steven E. Brenner, Alexey G. Murzin et Cyrus Chothia, « SCOP: a Structural Classification of Proteins database », Nucleic Acids Research, vol. 27, n^o 1,‎ janvier 1999, p. 254-256 (PMID 9847194, PMCID 148149, DOI 10.1093/nar/27.1.254, lire en ligne)

[10.1093/nar/gkh039-9] (en) Antonina Andreeva, Dave Howorth, Steven E. Brenner, Tim J. P. Hubbard, Cyrus Chothia et Alexey G. Murzin, « SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data », Nucleic Acids Research, vol. 32, n^o Supplement 1,‎ janvier 2004, D226-D229 (PMID 14681400, PMCID 308773, DOI 10.1093/nar/gkh039, lire en ligne)

[10.1007/BF00608697-10] (en) M. O. Dayhoff, P. J. McLaughlin, W. C. Barker et L. T. Hunt, « Evolution of sequences within protein superfamilies », Naturwissenschaften, vol. 62, n^o 4,‎ avril 1975, p. 154-161 (DOI 10.1007/BF00608697, Bibcode 1975NW.....62..154D, lire en ligne)

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