Isolement (microbiologie)

L'isolement est une technique qui permet de séparer les bactéries d'un échantillon en utilisant des milieux de culture solides, sélectifs ou non, pour les différencier. L'isolement permet d'obtenir des colonies différentes, espacées les unes des autres. On cherche à isoler les différentes cellules de l'échantillon, chaque cellule isolée étant alors potentiellement susceptible de conduire à une colonie (mais parfois on obtiendra des colonies mixtes difficilement résolubles ...). L'isolement permet d'observer les colonies. Pour ce faire, on utilise une anse de platine ou une pipette boulée. L'instrument peut être stérilisé entre chaque utilisation.

Isolement de Yersinia enterocolitica

Une anse de platine

Isolement par la méthode des quadrants

Isolement de Staphyloccocus aureus selon la méthode des cadrans

La méthode des quadrants consiste à diviser une boîte de Petri en deux (50 % et 50 %), puis de diviser de nouveau par deux une moitié afin d'obtenir 3 quadrants de 50 %, 25 % et 25 %. Sur le plus grand quadrant une petite quantité d'inoculum est posée puis étalée. La boîte est ensuite tournée d'un quart afin d'étaler les bactéries sur un quadrant plus petit, puis de nouveau tournée d'un quart afin d'ensemencer le dernier petit quadrant. Les stries doivent être serrées et la pipette Pasteur ou l'anse de platine peut être flambée entre chaque cadran pour de meilleurs résultats. Il ne faut pas passer deux fois au même endroit et de ne pas revenir "en arrière" lorsque l'on fait pivoter la boîte, sinon l'anse (ou la pipette) risque de se surcharger et l'isolement sera moins réussi. C'est sur le dernier quadrant que se retrouvent les colonies isolées.

L'isolement simple par stries multiples

Une méthode toute simple consiste à déposer l'inoculum à la périphérie de la boîte. On étale ensuite ce prélèvement vers le bas en stries serrées puis à nouveaux d'autres stries partant des bords des précédentes bords à bords. Cette méthode est notamment utilisée dans le cas des prélèvements d'urines et permet une évaluation de la concentration microbienne.

Autre méthode d'isolement

Dans cette méthode, on étale les microorganismes à la périphérie de la boîte de Petri, puis on les étale vers le centre de la boîte. Il est important de ne pas aller trop loin dans la périphérie lors du balayage du centre. Cette méthode demande plus de technique que la première.

Lecture de l'isolement

Une fois l'isolement effectué et incubé, des colonies bactériennes apparaissent; elles sont d'aspect M, R ou S.

R pour Rugueuses

Les colonies de type R (pour Rough en anglais) ne sont pas rondes, les bords sont hachurés, irréguliers, et des cavités sont visibles à la surface de la colonie.

S pour Smooth

Les colonies de type S (pour smooth en anglais) ont des bords réguliers, semi-bombés, une surface lisse et a consistance crémeuse et en suspension elles sont homogènes.

M pour Muqueuse

Les colonies M (pour mucous en anglais) sont d'un aspect brillant et collant (comme le miel), mucoïde. Le fait qu’elles soient collantes est due à la sécrétion d’exopolysaccharides par les bactéries. Elles s'étirent lors d'un prélèvement. L'aspect gras est dû à leur capsule.

Bibliographie

• Philippe Lanotte, Christophe Isnard, F. Garnier et L. Mereghetti (ill. Carole Fumat), « Chapitre 3. Du prélèvement à la caractérisation des souches. 3.1. Démarche de l'examen bactériologique. Culture et isolement des bactéries », dans Bactériologie médicale : techniques usuelles, Issy-les-Moulineaux, Elsevier Masson (François Denis, Marie-Cécile Ploy, Christian Martin et Vincent Cattoir), 2016, 3^e éd., 575 p. (ISBN 9782294746161).
• Jean Rullier et A. Parodi, Laboratoire et diagnostic en médecine vétérinaire, Vigot, 1968, 712 p., « Identification par isolement et culture »
• Paul Haudruroy, Microbiologie générale et technique microbiologique, Masson, 1947, 622 p., « Les colonies microbiennes »