Le Groupe d'armées E a été créé le à partir de la 12e armée. Des unités de ce groupe d'Armée ont été réparties dans toute la région de l'Est-Méditerranien, y compris la Grèce, la Serbie et la Croatie.
Le Groupe d'Armée E a participé à des opérations anti-partisans en Grèce et en Yougoslavie. Au cours de ces opérations, plusieurs atrocités, massacres et crimes de guerre ont été commis, comme les massacres de Kalávryta et Distomo en Grèce. En outre, pendant le processus de désarmement de l'armée italienne en , les troupes allemandes ont exécuté plus de 5000 prisonniers de guerre italiens dans le massacre de Céphalonie. Dans le même temps, le Groupe d'armée a réussi à repousser la tentative britannique de saisir l'archipel d'îles en Dodécanèse, territoire italien depuis 1912 à la suite de la Guerre italo-turque de 1911-1912.
Au printemps 1945, lors de la retraite des forces de la Wehrmacht dans les Balkans, ce groupe d'armées se retire en Hongrie, avec des unités mobiles en Autriche et dans le Sud de l'Allemagne. Lors de la retraite 1945, les unités de forteresse ont été fusionnées pour former le LXXXXI Corps d'armée.
