La saison 1999 du Championnat de Colombie de football est la cinquante-deuxième édition du championnat de première division professionnelle en Colombie.
Les seize meilleures équipes du pays disputent le championnat qui se déroule en trois phases :
- lors du tournoi Ouverture, les équipes sont regroupées au sein d'une poule unique où elles s'affrontent une seule fois, plus un match face à un adversaire du même secteur géographique puis 6 matchs au sein des Cuadrangulares.
- le Tournoi Clôture a exactement le même fonctionnement. Les huit premiers du tournoi jouent les demi-finales puis la finale.
- la finale nationale pour le titre voit s'affronter les deux vainqueurs des tournois saisonniers, en matchs aller et retour.
C'est le club de l'Atlético Nacional, vainqueur du tournoi de Clôture, qui remporte la compétition, après avoir battu lors de la finale nationale l'América de Cali. C'est le septième titre de champion de l'histoire du club.
À partir de cette édition, il n'y a plus de bonus à l'issue des tournois. Le barème est à nouveau modifié pour supprimer le point supplémentaire en cas de victoire après la séance de tirs au but, organisée en cas de match nul.
Les vainqueurs des tournois Ouverture et Clôture se qualifient directement pour la Copa Libertadores. La troisième place est attribuée au meilleur club non-qualifié au classement cumulé des deux tournois.
Le barème utilisé pour établir l'ensemble des classements est le suivant :
- Victoire : 3 points
- Match nul : 1 point
- Défaite : 0 point
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Qualification pour la phase finale du tournoi
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- L'Unión Magdalena est relégué sur des critères de résultats sur les deux dernières saisons.