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bioRxiv

bioRxiv (prononciation : « bio-archive[3] ») est une archive de dépôt de préprints consacrée aux sciences biologiques, cofondée par John Inglis et Richard Sever en [4],[5]. Elle est hébergée par le Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL)[6].

Logo de BioRxiv
Adresse biorxiv.org
Langue Anglais
Propriétaire Cold Spring Harbor Laboratory
Lancement [1],[2]Voir et modifier les données sur Wikidata
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En tant que préprints, les documents hébergés sur bioRxiv n'ont pas toujours été revus par des pairs, mais leur nature de publication scientifique a été vérifiée ainsi que l'absence de plagiat. Les lecteurs peuvent commenter les documents archivés. Elle a été inspirée par le service fourni dans les domaines de la physique et des mathématiques par ArXiv, lancé en par Paul Ginsparg (également membre du conseil de bioRxiv[7]). BioRxiv a reçu en le soutien financier de l'Initiative Chan Zuckerberg[8],[9],[10].

Histoire

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Avant la mise en place de bioRxiv, les biologistes étaient divisés sur l'opportunité de la mise en place d'une archive de preprints dédiée. Certains craignaient de se voir « doublés » par leurs compétiteurs et de perdre l'antécédence de leur découverte.

Cependant, certains généticiens avaient déjà pris l'habitude de déposer des manuscrits dans la section « biologie quantitative » de arXiv (lancée en ) et n'avaient plus ces préoccupations, puisqu'au contraire ils constataient que les préprints, chronoréférencés, pouvaient appuyer leurs allégations de découverte[11].

En conséquence de la popularité croissante de bioRxiv, plusieurs revues de biologie ont mis à jour leurs politiques sur des preprints, indiquant qu'ils ne les considèrent plus comme une publication dupliquée comme c'était parfois le cas depuis les années 1960[12].

L'usage des préprints en biologie est activement promu par le mouvement ASAPBio auprès de tous les maillons de la chaine : institutions, agences de financement et d'évaluation, revues scientifiques, auteurs, etc.

Taux de dépôt

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Selon Jocelyn Kaiser, du magazine Science, dans sa première année, l'archive a « attiré un flux modeste mais croissant de documents », avec 824 préprints[13].

En , le taux de dépôt à bioRxiv a augmenté de façon constante à partir de ~60 ~200 par mois, avec un total de 3100 documents reçus. Au , plus de 10 000 articles avaient été acceptés au total[14].

En , le nombre mensuel de dépôts a dépassé 810 en [15] et 1 000 en . En , ce chiffre a frôlé les 1 500[16]. En , 2 637 preprints ont été déposés dans bioRxiv[17].

COVID-19

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Début , bioRxiv a joué un rôle important dans la diffusion rapide de la connaissance concernant la pandémie de COVID-19 causée par le coronavirus SARS-CoV-2, en rassemblant sur une même plate-forme dédiée[18] les preprints déposés dans les archives bioRxiv et medRxiv (mais pas ceux d'autres archives telles que ArXiv). Le premier preprint[19] a été déposé dans bioRxiv le , moins de trois semaines après la déclaration officielle[20] des premiers cas par la préfecture de Wuhan, en Chine; le 31 mars, le 1000e preprint concernant la COVID-19 via medRxiv apparaissait sur cette plate-forme[21].

Malgré ce rôle important pour diffuser des informations rapidement auprès de spécialistes à même de porter un regard expert sur les contenus, les preprints n'étant pas validés par les pairs, des voix se sont élevées concernant la fiabilité des informations postées de cette façon[22].

Disciplines scientifiques

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bioRxiv accepte les préprints dans les disciplines suivantes, couvrant toutes les sciences de la vie :

Lien de bioRxiv vers les revues

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Le lien de bioRxiv vers les revues (bioRxiv to Journals, B2J) permet aux auteurs de soumettre leur manuscrit directement à une revue scientifique à partir de bioRxiv. Les revues qui participent actuellement à B2J sont :

Références

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  1. ↑ (en) Laura L Kiessling, Laura E Fernandez, A Paul Alivisatos et Paul S Weiss, « ChemRXiv: A Chemistry Preprint Server. », ACS Chemical Biology, ACS, vol. 11, no 11,‎ , p. 2937 (ISSN 1554-8929 et 1554-8937, PMID 27933802, DOI 10.1021/ACSCHEMBIO.6B00974). 
  2. ↑ WorldCat (site web), consulté le . 
  3. ↑ « Advancing the sharing of research results for the life sciences », bioRxiv (consulté le ).
  4. ↑ Ewen Callaway, « Preprints come to life », Nature, vol. 503, no 7475,‎ , p. 180 (DOI 10.1038/503180a, Bibcode 2013Natur.503..180C)
  5. ↑ Cold Spring Harbor Laboratory, « bioRxiv preprints can now be submitted directly to leading research journals », sur Phys.org (consulté le ).
  6. ↑ « About bioRxiv », bioRxiv, Cold Spring Harbor Laboratory (consulté le ).
  7. ↑ (en) « Advancing the sharing of research results for the life sciences », sur www.biorxiv.org (consulté le ).
  8. ↑ « Cori Bargmann », sur www.facebook.com, (consulté le ).
  9. ↑ (en) Ewen Callaway, « BioRxiv preprint server gets cash boost from Chan Zuckerberg Initiative », Nature, vol. 545, no 7652,‎ , p. 18–18 (ISSN 0028-0836 et 1476-4687, DOI 10.1038/nature.2017.21894, lire en ligne, consulté le )
  10. ↑ Jocelyn Kaiser, « BioRxiv preprint server gets funding from Chan Zuckerberg Initiative », Science,‎ (DOI 10.1126/science.aal1117)
  11. ↑ Ewen Callaway, « Geneticists eye the potential of arXiv », Nature, vol. 488, no 7409,‎ , p. 19 (PMID 22859182, DOI 10.1038/488019a, Bibcode 2012Natur.488...19C)
  12. ↑ (en) Matthew Cobb, « The prehistory of biology preprints: A forgotten experiment from the 1960s », PLOS Biology, vol. 15, no 11,‎ , e2003995 (ISSN 1545-7885, PMID 29145518, PMCID PMC5690419, DOI 10.1371/journal.pbio.2003995, lire en ligne, consulté le )
  13. ↑ Jocelyn Kaiser, « BioRxiv at 1 year: A promising start », Science, (consulté le ).
  14. ↑ « Search Results | bioRxiv », sur biorxiv.org (consulté le ).
  15. ↑ « John Inglis on Twitter », Twitter,‎ (lire en ligne, consulté le )
  16. ↑ « Richard Sever on Twitter », Twitter,‎ (lire en ligne, consulté le )
  17. ↑ (en) « 2,637 Results for posted between "01 Dec, 2019 and 31 Dec, 2019" », sur bioRxiv (consulté le ).
  18. ↑ (en) « COVID-19 SARS-CoV-2 preprints from medRxiv and bioRxiv », sur bioRxiv (consulté le ).
  19. ↑ (en) Tianmu Chen, Jia Rui, Qiupeng Wang et Zeyu Zhao, « A mathematical model for simulating the transmission of Wuhan novel Coronavirus », bioRxiv, Systems Biology,‎ (DOI 10.1101/2020.01.19.911669, lire en ligne, consulté le )
  20. ↑ (zh) « Notice d'information de la Commission municipale de la santé de Wuhan sur la situation actuelle de l'épidémie de pneumonie dans notre ville [en chinois] »(Archive.org • Wikiwix • Archive.is • Google • Que faire ?), sur wjw.wuhan.gov.cn, (consulté le ).
  21. ↑ (en) Armin Ensser et Klaus Ueberla, « Determination of daily reproduction numbers of SARS-CoV2 based on death cases suggests more rapid initial spread in Italy and the United States », medRxiv,‎ (DOI 10.1101/2020.03.28.20046094, lire en ligne, consulté le )
  22. ↑ « Le Covid-19 engendre une multiplication des publications scientifiques », Le Monde.fr,‎ (lire en ligne, consulté le )

Annexes

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Bibliographie

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Liens externes

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