ADN B
L'ADN B est la forme a priori la plus courante de la double hélice d'ADN constituant le matériel génétique des cellules vivantes[1]. Elle fut décrite en 1953 par Crick, Watson et Wilkins d'après les travaux cristallographiques de Franklin. L'ADN B se caractérise par un diamètre d'environ 2 nm et un allongement moyen de 0,34 nm par paire de bases ajoutée, chaque tour d'hélice comprenant entre 10,4 et 10,5 paires de bases en solution. Elle possède deux sillons inégaux typique-ment de 2,2 nm pour le grand sillon et de 1,2 nm pour le petit sillon[2]. Il en résulte que les bases nucléiques sont plus accessibles de l'extérieur au niveau du grand sillon, et c'est typiquement à ce niveau que se lient sélectivement des protéines telles que les facteurs de transcription en fonction de la séquence de l'ADN[3].
| Paramètre | ADN A | ADN B | ADN Z |
|---|---|---|---|
| Sens de l'hélice | droite | droite | gauche |
| Motif répété | 1 bp | 1 bp | 2 bp |
| Angle de rotation par paire de bases | 32,7° | 34,3° | 60°/2 |
| Nombre de paires de bases par tour d'hélice | 11 | 10,5 | 12 |
| Pas de l'hélice par tour | 2,82 nm | 3,32 nm | 4,56 nm |
| Allongement de l'axe par paire de bases | 0,24 nm | 0,32 nm | 0,38 nm |
| Diamètre | 2,3 nm | 2,0 nm | 1,8 nm |
| Inclinaison des paires de bases sur l'axe de l'hélice | +19° | −1,2° | −9° |
| Torsion moyenne (propeller twist) | +18° | +16° | 0° |
| Orientation des substituants des bases sur les résidus osidiques |
anti | anti | Pyrimidine : anti, Purine : syn |
| Plissement / torsion endocyclique du furanose (Sugar pucker) |
C3’-endo | C2’-endo | Cytosine : C2’-endo, Guanine : C3’-endo |
Notes et références
modifier- (en) Timothy J. Richmond et Curt A. Davey, « The structure of DNA in the nucleosome core », Nature, vol. 423, no 6936, , p. 145-150 (PMID 12736678, DOI 10.1038/nature01595, Bibcode 2003Natur.423..145R, lire en ligne)
- (en) Richard Wing, Horace Drew, Tsunehiro Takano, Chris Broka, Shoji Tanaka, Keiichi Itakura et Richard E. Dickerson, « Crystal structure analysis of a complete turn of B-DNA », Nature, vol. 287, no 5784, , p. 755-758 (PMID 7432492, DOI 10.1038/287755a0, Bibcode 1980Natur.287..755W, lire en ligne)
- (en) C. O. Pabo et R. T. Sauer, « Protein-DNA Recognition », Annual Review of Biochemistry, vol. 53, , p. 293-321 (PMID 6236744, DOI 10.1146/annurev.bi.53.070184.001453, lire en ligne)
- (en) Richard R Sinden, DNA structure and function, Academic Press, , 398 p. (ISBN 0-12-645750-6)
- (en) Rich A, Norheim A, Wang AHJ, « The chemistry and biology of left-handed Z-DNA », Annual Review of Biochemistry, vol. 53, , p. 791–846 (PMID 6383204, DOI 10.1146/annurev.bi.53.070184.004043)
- (en) Ho PS, « The non-B-DNA structure of d(CA/TG)n does not differ from that of Z-DNA », Proc Natl Acad Sci USA, vol. 91, no 20, , p. 9549–9553 (PMID 7937803, PMCID 44850, DOI 10.1073/pnas.91.20.9549, Bibcode 1994PNAS...91.9549H)
